發(fā)酵工程可由三部分組成:即上游工程、中游工程和下游工程。上游工程包括生產(chǎn)菌株的選育，最佳發(fā)酵條件(pH、溫度、溶解氧和營(yíng)養(yǎng)組分）的確定，培養(yǎng)物的制備等。中游工程 是指生物反應(yīng)器研制、選型，菌體的大批量培養(yǎng)或生產(chǎn)代謝產(chǎn)物的調(diào)控管理技術(shù)，包括發(fā)酵 原料、發(fā)酵罐以及空氣系統(tǒng)，各連接管道進(jìn)行滅菌的技術(shù),無(wú)菌空氣的過(guò)濾技術(shù)，在發(fā)酵管理 過(guò)程中的自動(dòng)化控制技術(shù),多級(jí)發(fā)酵的工藝技術(shù)。此外，根據(jù)不同的需要，發(fā)酵工藝上還分 批量發(fā)酵和連續(xù)發(fā)酵，從實(shí)驗(yàn)室小試到中試，從中試到大規(guī)模生產(chǎn)的工藝放大過(guò)程等。下游 工程是指從發(fā)酵物料中分離和純化產(chǎn)品的技術(shù):包括固液分離技術(shù)(蒸餾、離心、過(guò)濾、沉淀等 工藝），細(xì)胞破壁技術(shù)(超聲、高壓剪切、滲透壓、表面活性劑和溶壁酶等），蛋白質(zhì)純化技術(shù)(沉 淀、色譜分離和超濾等），最后還有產(chǎn)品的包裝和制備技術(shù)(包括真空干燥和冰凍干燥等)。